指の下側のタコが大きなことも痛みの原因のひとつなので、それを削るこで多少は改善します。
ただタコは結果として生じているに過ぎず、局所的にかかる大きな圧力や剪断力が一番の要因となります。
お写真を拝見すると親指が短く、足全体のアーチ構造を保持できていないのでは？と感じます。
従いまして

親指の中足骨が短い
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アーチ構造を保持できず度を超えた扁平足になっている
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扁平足により足の裏側が引っ張られて、小指を曲げる筋肉（腱）の力と向きが正常から逸脱
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小指が回転して弱い部分が下を向き、踏み返し動作時の力に耐えきれない
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皮膚が反応してタコができる

このような流れになっていると仮定した場合、タコを削り、テーピングで小指を伸ばして固定し、インソールで扁平足を矯正する、というのが当院での方針となります。
インソールは扁平足を治すものではなく「なかったことにする」というのが基本的な考え方で、使い続けることで扁平足による二次的な弊害をコントロールすることが主な目的です。
これにより経験上、2〜3年程度で足裏の緊張が緩み、指はある程度まっすぐになります。

小指が既に曲がったまま動かない不可逆的な変化となっている場合は、手術で伸びたまま動かないようにする「関節固定術」という手法もあります。ただ印象としては小指を手で引っ張れば伸びる可逆的な変化かと思いますので、テーピングで固定しておくだけで十分かと思います。