「フライト」というご記載から、客室乗務員としてお仕事をされている方でしょうか。
ご相談の内容を拝見する限り、血流などに問題がなければ「モートン病」が疑われます。
ただしモートン病はあくまで結果としての症状であり、その原因の多くは「度を超えた扁平足」による足の構造の崩れにあります。

お写真を拝見したところ、母趾の中足骨周囲に腫れがあるようにも見受けられます。また、足底の筋肉が強く浮き出ており、扁平足が進行している可能性が高いと考えられます。
つまり、長時間の立ち仕事＋扁平足＋無理のある靴といった複合的な要因により、結果としてモートン病を引き起こしているケースが想定されます。

現時点では、お仕事を休むことで症状が改善しているとのことですので、重症化はしていないと考えられますが、早めに対策を取ることが予防的な意味でも重要です。
最近は航空会社でも靴の指定がない場合も多いようですので、可能であれば、より負担の少ない靴を選び、インソールでアーチを補正することをおすすめします。
また、痛みの有無にかかわらずレントゲン撮影を行えば、アーチの状態や骨の配列など概ねの評価が可能です。