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ご相談のように「小指が薬指の下にもぐり込む」「同じ場所に水ぶくれができる」といった症状は、歩行時のわずかなバランスの崩れや足の構造的な特徴が重なって起こることが多く、実際、よく見られる足のトラブルのひとつです。
痛みが強くないため受診される方は多くありませんが、放置すると皮膚トラブルが繰り返す場合があります。

ご記載の症状は、主に以下の３つの要因が重なっている可能性があります。

① 第4趾・第5趾の骨の構造
　4趾と5趾は通常、基節骨・中節骨・末節骨の3つの骨で構成されていますが、なかには中節骨と末節骨が癒合している方もいます。
　癒合している場合は指が安定しやすく、寝指になりにくい傾向があります。

② 扁平足によるアーチの低下
　足のアーチが落ちることで、足底側の屈筋腱（趾を曲げる腱）が常に引っ張られ、指が屈曲（丸まる）しやすくなります。その結果、小指が下に潜り込む形になります。

③ 靭帯や関節構造の緩さ（柔らかさ）
　生まれつき関節が柔らかい方は、趾が回旋したり曲がりやすくなり、変形が進みやすい傾向があります。

対処法としては、次のような方法が有効です。
①・③に対しては、2.5cm幅の紙製テープ（例：マイクロポアテープ）で、小指を軽く伸ばした状態で２周ほど巻くと、指の潜り込みを予防できます。
②に対しては、アーチを支えるインソールを使用することで、足底腱の緊張を軽減できます。即効性はありませんが、「そういえば最近気にならなくなった」と感じる程度に改善していくケースが多いです。

ちなみに私自身も以前、同様の症状がありましたが、インソールを使うようになってからは、水ぶくれや胼胝はほとんどできなくなりました。